Résumé du nettoyage :

Taille finale de l'assemblage : 12 contigs avec une taille de 164436 pb.

Liste des contigs retenus dans l'assemblage final :

• contig00001 : profondeur de 22.0(longueur du contig : 5770 pb, somme des longueurs des lectures : 128554 pb avec 328 de lectures assemblées.)
• contig00002 : profondeur de 47.0(longueur du contig : 2495 pb, somme des longueurs des lectures : 119733 pb avec 274 de lectures assemblées.)
• contig00003 : profondeur de 18.0(longueur du contig : 57835 pb, somme des longueurs des lectures : 1097789 pb avec 2824 de lectures assemblées.)
• contig00006 : profondeur de 5.0(longueur du contig : 880 pb, somme des longueurs des lectures : 4590 pb avec 11 de lectures assemblées.)
• contig00008 : profondeur de 5.0(longueur du contig : 1123 pb, somme des longueurs des lectures : 6039 pb avec 16 de lectures assemblées.)
• contig00020 : profondeur de 18.0(longueur du contig : 60327 pb, somme des longueurs des lectures : 1103973 pb avec 2714 de lectures assemblées.)
• contig00024(*) : profondeur de 19.0(longueur du contig : 5626 pb, somme des longueurs des lectures : 108891 pb avec 279 de lectures assemblées.)
• contig00048 : profondeur de 5.0(longueur du contig : 827 pb, somme des longueurs des lectures : 4145 pb avec 11 de lectures assemblées.)
• contig00061(*) : profondeur de 20.0(longueur du contig : 15348 pb, somme des longueurs des lectures : 318658 pb avec 791 de lectures assemblées.)
• contig00078 : profondeur de 18.0(longueur du contig : 34208 pb, somme des longueurs des lectures : 632798 pb avec 1590 de lectures assemblées.)
• contig00084 : profondeur de 6.0(longueur du contig : 1021 pb, somme des longueurs des lectures : 6697 pb avec 17 de lectures assemblées.)
• contig00149 : profondeur de 14.0(longueur du contig : 938 pb, somme des longueurs des lectures : 13648 pb avec 35 de lectures assemblées.)

(*) Contigs d'éxtremités.

Fichiers fasta & qual résultats : validated_contigs.fasta, validated_contigs.qual,

Données en entrée issue de l'assemblage :

Données en entrée :

• file : pool1.MID4.clean.sff
• 12774, 12774 lectures (*)
• 4696283, 4688750 bases (*)

* : premier chiffre correspond au nombre de lectures/bases présentes dans le fichier sff et le second chiffre correspond au nombre de lectures/bases utilisées après trimming des primers, de la qualité... (cf doc Roche: GS_FLX_Software_Manual.pdf)

Informations générales sur l'assemblage :

• 9771, 76.49% lectures alignées
• 3536679, 75.43% bases alignées
• 0.99%, 35118 pourcentage du nombre total de différences
• 9458 lectures assemblées
• 313 lectures partiellement assemblées
• 2826 singletons
• 1 lectures matches à plusieurs endroit
• 176 lectures abérantes
• 0 lectures trop courte

Large contig :

• 111 contigs
• 254786 bases
• 2295 de taille moyenne des contigs
• 31457 taille du N50
• 55907 taille maximale
• 243412, 95.54% (nombre et pourcentage) bases dont la qualité est supérieure à 40
• 11374, 4.46% (nombre et pourcentage) bases dont la qualité est inférieure à 39

Tout les contig :

• 154 contigs
• 268261 bases

1. Décontamination des contigs :

Nombre de contaminations contre la banque 'ecoli536 2010-03-26 ' : 7
454LargeContigs.contamination_search.contigecoli536.m8

Nombre de contaminations contre la banque 'ecoliK12_DH10B 2010-03-26 ' : 14
454LargeContigs.contamination_search.contigecoliK12_DH10B.m8

Nombre de contaminations contre la banque 'genbank_phage 176 ' : 2
454LargeContigs.contamination_search.contigphage.m8

Nombre de contaminations contre la banque 'Saccharomyces_cerevisiae 2010-03-26 ' : 0

Fichiers fasta & qual décontaminés : 454LargeContigs.decontaminated.fasta, 454LargeContigs.decontaminated.qual.

2. Tri des contigs selon leurs profondeurs :

Liste des contigs ayant une profondeur comprise entre 5 et 100X :

• contig00001 : profondeur de 22.0(longueur du contig : 5770 pb, somme des longueurs des lectures : 128554 pb avec 328 de lectures assemblées.)
• contig00002 : profondeur de 47.0(longueur du contig : 2495 pb, somme des longueurs des lectures : 119733 pb avec 274 de lectures assemblées.)
• contig00003 : profondeur de 18.0(longueur du contig : 57835 pb, somme des longueurs des lectures : 1097789 pb avec 2824 de lectures assemblées.)
• contig00006 : profondeur de 5.0(longueur du contig : 880 pb, somme des longueurs des lectures : 4590 pb avec 11 de lectures assemblées.)
• contig00008 : profondeur de 5.0(longueur du contig : 1123 pb, somme des longueurs des lectures : 6039 pb avec 16 de lectures assemblées.)
• contig00020 : profondeur de 18.0(longueur du contig : 60327 pb, somme des longueurs des lectures : 1103973 pb avec 2714 de lectures assemblées.)
• contig00024 : profondeur de 19.0(longueur du contig : 5626 pb, somme des longueurs des lectures : 108891 pb avec 279 de lectures assemblées.)
• contig00048 : profondeur de 5.0(longueur du contig : 827 pb, somme des longueurs des lectures : 4145 pb avec 11 de lectures assemblées.)
• contig00061 : profondeur de 20.0(longueur du contig : 15348 pb, somme des longueurs des lectures : 318658 pb avec 791 de lectures assemblées.)
• contig00078 : profondeur de 18.0(longueur du contig : 34208 pb, somme des longueurs des lectures : 632798 pb avec 1590 de lectures assemblées.)
• contig00084 : profondeur de 6.0(longueur du contig : 1021 pb, somme des longueurs des lectures : 6697 pb avec 17 de lectures assemblées.)
• contig00149 : profondeur de 14.0(longueur du contig : 938 pb, somme des longueurs des lectures : 13648 pb avec 35 de lectures assemblées.)

Fichiers fasta & qual résultant du trie par la profondeur : 454LargeContigs.decontaminated.fasta.depth.sorted, 454LargeContigs.decontaminated.qual.depth.sorted.

3. Information sur les contigs d'extrémités :

Le vecteur trouvé dans les contigs suivant : contig00024, contig00061.
Fichier fasta résultat avec le vecteur masqué : 454LargeContigs.decontaminated.screen